Le carbone inorganique du sol est-il indispensable à votre comptabilité du carbone du sol ?

Depuis vingt ans, quand on parle du carbone du sol, on parle du carbone organique du sol. Le vocabulaire, les protocoles, les méta-analyses et les méthodologies de crédit supposent tous que le réservoir pertinent est la fraction sombre de l’horizon de surface, recyclée par les micro-organismes. Cette hypothèse est commode, défendable dans bien des systèmes, et structurellement fausse dans nombre de ceux sur lesquels reposent de plus en plus les engagements de Scope 3 des entreprises : cultures irriguées en climat méditerranéen, vignobles calcaires, systèmes céréaliers intensément fertilisés en azote, programmes d’approvisionnement en zones arides, et toute agroforesterie sur matériau parental carbonaté.

Le carbone inorganique du sol n’est pas un sujet de niche. La synthèse mondiale la plus récente estime le SIC à 2 305 ± 636 Pg C jusqu’à 2 m, avec au moins 1,13 ± 0,33 Pg C perdus chaque année vers les eaux continentales et jusqu’à 23 Pg C de SIC de surface (0–30 cm) dont la perte est prévue au cours des 30 prochaines années sous l’effet de l’acidification induite par les dépôts azotés et la fertilisation1. Jusqu’à 2 m, les stocks mondiaux de SIC et de SOC sont à peu près équivalents, et pourtant un audit bibliométrique de 47 000 publications sur le carbone du sol depuis 1905 a constaté que moins de 4 % traitent du SIC ; l’écart de visibilité est désormais plus grand que l’écart empirique2. Pour un comptable d’entreprise ou un développeur de projet, l’enjeu est direct : dans les systèmes calcaires et carbonatés, une tendance du carbone du sol qui ignore le SIC est un chiffre qui ne survit pas au contact d’un auditeur rigoureux.

Le réservoir encore absent de votre cadre comptable

Le GHG Protocol Land Sector and Removals (LSR) Standard, en vigueur au 1er janvier 2027, définit le réservoir de carbone du sol comme comprenant à la fois le carbone organique du sol et le carbone inorganique du sol, le second défini comme le carbone des carbonates du sol et des autres formes minérales de carbone présentes dans le sol3. Le LSR Guidance qui l’accompagne a été publié le 30 juin 2026. Il ne fixe aucune procédure de partition entre les deux réservoirs, et il retient la position selon laquelle le carbone inorganique du sol ne peut pas être accumulé sur des échelles de temps décennales, mais peut être perdu sous l’effet de la gestion et de facteurs naturels, principalement par acidification. La direction n’est plus ambiguë : si votre sol renferme du carbone carbonaté et que vos pratiques le modifient, cette modification a sa place dans votre inventaire.

Les méthodologies du marché volontaire convergent vers le même point sous un autre angle. Le VM0042 v2.2 de Verra, publié le 21 octobre 2025, concentre le crédit sur le stockage de carbone organique du sol et impose déjà que les variations de stock de SOC issues de la mesure directe soient déclarées sur une base de masse de sol équivalente ; une révision v3.0 est passée en consultation publique du 11 février au 31 mars 2026, déplaçant les exigences d’échantillonnage et d’analyse dans un manuel distinct4. Les protocoles d’altération accélérée des roches (ERW) se situent, eux, entièrement de l’autre côté : ils créditent la formation de carbone inorganique, et leur intégrité dépend désormais de la séparation nette entre l’accumulation de SIC issue du captage atmosphérique et celle issue des carbonates accessoires déjà présents dans le matériau d’apport56. Dans les trois régimes, la question analytique est la même : savez-vous réellement quel carbone vous avez mesuré ?

Quand le SIC est significatif et quand il ne l’est pas

La réponse dépend de quatre caractéristiques du système. Traitez-les comme des filtres, dans l’ordre.

1. Le sol contient-il ne serait-ce que du carbone inorganique ?

Dans les sols acides, non calcaires (la plupart des sols forestiers tempérés humides, les Oxisols et Acrisols tropicaux altérés en dessous de pH 6, et la grande majorité des systèmes cacaoyers sur substrats du bouclier ouest-africain), le SIC est négligeable à l’échelle du projet et peut être écarté après l’analyse d’un sous-échantillon de confirmation. Là où le carbonate est présent, le réservoir est assez grand pour changer la réponse. Dans les sols dont le pH est compris entre 7 et 9, la teneur en SIC a une médiane proche de 6 g C/kg et un écart interquartile d’environ 1 à 16 g C/kg, les valeurs supérieures à environ 40 g C/kg étant peu fréquentes1, et la densité de SIC s’établit en moyenne à 100 Mg C/ha jusqu’à 1 m dans les zones arides, à environ 130 Mg C/ha dans les sols désertiques et à environ 56 Mg C/ha dans la steppe semi-aride7.

2. Le réservoir de SIC est-il stable, ou activement recyclé sous l’effet de vos pratiques ?

Le carbonate lithogénique hérité du matériau parental peut demeurer pratiquement inerte pendant des siècles. Le carbonate pédogénique, formé in situ par dissolution puis reprécipitation, est dynamique et répond aux variations de pH, d’humidité du sol, de chimie de l’irrigation et de profondeur d’enracinement sur des échelles de temps décennales8. Les zones arides renferment environ 80 % du réservoir mondial de SIC, mais le carbonate pédogénique domine dans les prairies (≈ 60 % du SIC à 0–100 cm) tandis que le carbonate lithogénique domine dans les déserts (≈ 55 %) ; la conséquence pour la gestion est inverse7.

3. Les pratiques sont-elles susceptibles de perturber le réservoir de SIC ?

Cinq interventions sont des accélérateurs connus : la fertilisation azotée (l’acidification dissout les carbonates), le chaulage (libère du CO₂ lors de la neutralisation), l’irrigation avec une eau chargée en bicarbonates en zones arides (précipite le carbonate pédogénique mais libère du CO₂ abiotique au passage), l’altération accélérée des roches (dépose des carbonates accessoires et peut en former de nouveaux), et tout changement d’usage des terres qui modifie le pH du sol ou la profondeur d’enracinement dans les sols carbonatés. La Chine a perdu environ 9 % de son stock de SIC à 0–30 cm des années 1980 aux années 2010, soit une baisse d’environ 1,37 Pg C, à un rythme équivalent à 17,6–24 % du puits de carbone terrestre chinois ; pour les seules terres cultivées, la perte de SIC de 0,016 Pg C/an compense 57 % du puits de SOC qui s’y accumule9. Dans la couche 0–40 cm, les stocks de SIC des terres cultivées chinoises ont chuté de 7 % de 1980 à 2020, 7 millions d’hectares ont perdu leurs carbonates jusqu’à cette profondeur, et une perte supplémentaire de 37 % est prévue d’ici 2100 dans un scénario de maintien des apports azotés10.

4. Votre profondeur d’échantillonnage l’atteint-elle ?

Dans les terres cultivées calcaires tempérées, le SIC est parfois concentré sous l’horizon de surface ; dans des terres cultivées du nord-est de la Chine, les stocks de SIC à 100–150 cm représentaient 23 % du stock de carbone total jusqu’à cette profondeur, tandis que le SOC n’en représentait que 6 %11. Un protocole 0–30 cm, encore la norme par défaut dans de nombreux cadres MRV, est structurellement aveugle à cette couche.

Le risque précis : le SIC peut masquer ou gonfler les tendances du SOC

L’erreur la plus coûteuse dans la déclaration du carbone du sol n’est pas de sous-mesurer le SIC. C’est de laisser une tendance non mesurée du SIC se glisser en silence dans un chiffre de carbone total déclaré comme s’il s’agissait de SOC. Le mécanisme relève d’une arithmétique de bilan de masse. Si une analyse de carbone du sol renvoie le carbone total (TC) et que le projet suppose que TC est égal au SOC (parce qu’aucune mesure inorganique distincte n’a été faite), alors toute variation du SIC est imputée en silence au SOC. Dans un sol où le SIC est comparable ou supérieur au SOC, cette hypothèse produit une erreur directionnelle, systématique, et parfois d’un ordre de grandeur.

Trois résultats documentés donnent chair à ce mécanisme.

Une chronoséquence de remise en culture sur 62 ans sur un sol agricole carbonaté d’Allemagne a montré que le SOC s’accumulait à +0,30 Mg C/ha/an tandis que le SIC diminuait à −0,61 Mg C/ha/an ; le rapport SOC/TC est passé de 17 % à 93 % sur la période12. Un bilan de carbone limité à l’horizon de surface, sans séparer les deux réservoirs, aurait montré une trajectoire de carbone total à peu près stable, un léger gain ou une petite perte selon la décennie exacte. Il serait aussi passé complètement à côté de deux faits : que le SIC est perdu deux fois plus vite que le SOC ne s’accumule, et que le stock de carbone total du sol diminue nettement d’environ 19,5 Mg C/ha. Une projection RothC sur le même site prévoyait un équilibre du SOC à 38,6 Mg C/ha après 197 ans ; le stock de SIC perdu au cours des 70 premières années dépassait déjà ce total.

Le transect de revégétalisation du plateau de Loess a constaté qu’en moyenne, pour chaque kilogramme de SOC accumulé après l’abandon des cultures, 0,73 kg de SIC était perdu dans la couche 0–40 cm et 1,26 kg de SIC était gagné dans la couche 40–300 cm par mètre carré13. Le signal agrégé, toutes profondeurs et tous gradients de précipitations confondus, était faible ; les signaux au sein du profil étaient importants et pointaient dans des directions opposées. Une mesure de TC limitée à l’horizon de surface aurait sous-estimé le co-bénéfice carbone de la revégétalisation dans le profil profond et l’aurait surestimé dans l’horizon de surface.

Les terres cultivées chinoises sous fertilisation azotée habituelle perdent du SIC assez vite pour que le flux de dissolution des carbonates compense une part significative du puits de SOC qui s’accumule sur ces mêmes terres91014. Un inventaire de Scope 3 bâti sur ces terres cultivées qui ne déclare que la variation du SOC ne rend compte que d’une fraction de la dynamique du carbone du sol que le LSR Standard exige désormais de quantifier.

Une version plus subtile du même risque guette les projets qui recourent déjà à la comptabilité en masse de sol équivalente (ESM). L’ESM corrige les estimations de variation de stock pour tenir compte des variations de densité apparente, mais elle porte sur la masse, pas sur la forme chimique du carbone. Si le SIC se dissout (une partie de la masse quitte le profil sous forme de bicarbonate), l’ESM enregistrera correctement la variation de masse, mais si le flux analytique du projet attribue ensuite la réduction de C correspondante au SOC, la rigueur ajoutée par l’ESM est annulée par l’absence de partition des réservoirs. Fowler et ses collègues (2023) ont montré à quel point la seule variation de densité apparente fausse la variation de stock à profondeur fixe, et Raffeld et ses collègues (2024) ont montré que les estimations de variation de stock à profondeur fixe et en ESM peuvent différer de plus de 100 %, même pour le seul SOC. Ni l’une ni l’autre de ces analyses ne sépare les réservoirs organique et inorganique, de sorte qu’un projet qui a correctement appliqué l’ESM peut néanmoins attribuer le carbone au mauvais réservoir1516.

Le piège analytique, avant même d’échantillonner

L’essentiel de l’erreur sur le SIC dans les programmes commerciaux de carbone du sol se joue avant même qu’une seule carotte ne quitte le terrain. Tout se joue dans le flux analytique spécifié par le protocole.

Le carbone total par combustion sèche est rapide, peu coûteux et omniprésent, mais il ne distingue pas le SOC du SIC. Cinq contournements sont d’usage courant, chacun avec un biais directionnel :

• Supposer TC = SOC. Défendable seulement après l’analyse d’un sous-échantillon de confirmation montrant que le SIC est sous le seuil de détection. Pas défendable par défaut dans les systèmes calcaires, arides, irrigués ou ERW.
• Perte au feu (LOI). Décomposition thermique de la matière organique à 360 °C ou plus, la perte de masse étant attribuée au SOC. Dans une comparaison de méthodes, la LOI a présenté la plus faible concordance avec le protocole de référence (R² ≈ 0,83) et a systématiquement sous-estimé le SOC ; elle reste précise, mais elle dérive avec la durée d’exposition et la température finale du four, dont aucune n’est normalisée d’un laboratoire à l’autre17. Dans les sols carbonatés, la décomposition des carbonates au-dessus de 600 °C fait que les enveloppes de chauffage résiduelles se chevauchent, ce qui biaise le résultat.
• Manocalcimétrie / méthodes à transducteur de pression pour l’équivalent CaCO₃. Référence du secteur pour le carbone inorganique ; le SIC est alors estimé à 12 % de l’équivalent CaCO₃ et le SOC par différence (TC − SIC). C’est l’approche traditionnelle du Kellogg Soil Survey Laboratory de l’USDA-NRCS, qui donne de bons résultats lorsque le carbonate est majoritairement de la calcite, mais, la méthode étant étalonnée sur le CaCO₃, le résultat n’est qu’une estimation dès lors que le carbonate comprend de la magnésite, de la dolomite ou des phases mixtes18.
• Combustion sèche avec pré-acidification. Un lavage acide élimine les carbonates avant la combustion, ne laissant que le SOC à mesurer. Fiable entre des mains expérimentées, mais la matière organique soluble en milieu acide est une voie de perte documentée, qui biaise le SOC vers le bas.
• Combustion sèche à rampe de température (TRDC). Quantification directe et simultanée du SOC et du SIC par combustion étagée sous atmosphères contrôlées. Deux variantes se partagent le travail, avec commutation de gaz pour les échantillons calcaires et sans commutation pour les autres, le choix reposant sur un test préalable d’effervescence de routine. Plus précise que le flux KSSL traditionnel et légèrement plus exacte sur les échantillons calcaires, elle fait encore l’objet d’une évaluation comparative face à ce flux au KSSL18.
• Spectroscopie dans le moyen infrarouge (MIR / FTIR). Prédit le TC, le SIC et le SOC directement à partir des spectres, avec des R² de 0,97, 0,99 et 0,90 respectivement face à une chaîne de référence associant analyseur élémentaire et transducteur de pression, le SOC étant obtenu par différence17. Moins coûteuse par échantillon que la chimie humide une fois constituée une bibliothèque spectrale régionale ; sous-utilisée dans la MRV commerciale.

Recommandation pratique par scénario

La matrice ci-dessous est la version opérationnelle du test en quatre questions. Elle s’adresse à un déclarant de Scope 3 ou à un développeur de projet qui cadre un nouveau programme de carbone du sol, en partant des exigences du GHG Protocol LSR Standard.

Scénario 1, horizon de surface tempéré humide ou tropical, acide, non calcaire (par exemple cacao sur Acrisol, café sur Andosol, forêt de chêne/épicéa sur Cambisol). Le SIC est sous le seuil de détection dans les horizons dominants. Action : confirmer par une seule campagne d’analyse des carbonates sur sous-échantillons (manocalcimétrie sur 5–10 % des carottes), documenter l’absence dans le plan de projet, et procéder à un programme limité au SOC. Risque : faible, à condition que l’analyse de confirmation soit réalisée.

Scénario 2, terres cultivées calcaires sous fertilisation azotée intensive (céréales méditerranéennes, plaine de Chine du Nord, blé-colza allemand). Le SIC est présent dans l’horizon de surface et le sous-sol ; sous apport azoté, la trajectoire du pH est à la baisse ; le carbonate pédogénique se dissout activement. Action : mesurer le SOC et le SIC séparément à chaque campagne de suivi, échantillonner jusqu’à au moins 0–60 cm en trois incréments, et déclarer les deux trajectoires de variation de stock. Appliquer l’ESM aux deux réservoirs avec des références de profondeur cohérentes. Déclarer la dissolution des carbonates comme un poste d’émission de CO₂. Risque : élevé si le SIC n’est pas mesuré ; la tendance du SOC déclarée peut être du mauvais signe.

Scénario 3, systèmes pérennes méditerranéens calcaires (vignobles, oliviers, agroforesterie de type cacao sur matériau parental calcaire). Les stocks de SIC sont importants et dominent le profil : sur matériau parental calcaire, les concentrations de SIC valent huit à dix fois celles de SOC, et le CO₂ issu du SIC peut représenter jusqu’à 60 % de la respiration du sous-sol19. Action : mesurer le SOC et le SIC séparément, échantillonner jusqu’à 0–60 cm au minimum et 0–100 cm là où le sous-sol contient du carbonate pédogénique, distinguer le lithogénique du pédogénique lorsque des tendances décennales sont revendiquées, et utiliser les signatures δ¹³C pour corroborer cette partition lorsque le projet formule des affirmations fortes sur l’accumulation pédogénique.

Scénario 4, systèmes pastoraux / cultivés en zones arides et semi-arides (Sahel, parcours australiens, prairies d’Asie centrale). Que le SIC domine ou non dépend de la position du site le long du gradient d’aridité : dans les zones arides du nord-ouest de la Chine, le stock de SIC vaut 2,5 fois celui de SOC, jusqu’à 5,5 fois dans les sols désertiques, mais seulement 0,76 fois dans les prairies7. Action : la double mesure SOC + SIC est obligatoire ; le SIC peut constituer le principal puits ou la principale source selon la gestion. L’irrigation avec une eau chargée en bicarbonates peut provoquer un dégagement de CO₂ abiotique en même temps qu’elle construit du SIC pédogénique, et c’est le flux net qui constitue l’écriture comptable, pas la seule accumulation de SIC20. Un échantillonnage du sous-sol jusqu’à 0–100 cm est le minimum. La normalisation climatique par rapport à un contrefactuel n’est pas facultative.

Scénario 5, déploiement d’altération accélérée des roches (basalte ou wollastonite sur terres cultivées, quel que soit le climat). Le crédit porte sur la formation de carbone inorganique ; le réservoir de SOC est un co-réservoir qui peut augmenter ou diminuer sous la même intervention. Action : la mesure séparée du SOC et du SIC est obligatoire. Comptabiliser explicitement les carbonates accessoires du matériau d’apport ; les basaltes utilisés dans les essais ERW à grande échelle contiennent 0,17–1,25 % de calcite, assez pour dominer les flux précoces de cations et de DIC et être prise à tort pour de l’altération des silicates56. Suivre la dynamique du SOC de façon indépendante ; une méta-analyse récente constate que l’ERW augmente typiquement le SOC d’environ 3,8 % dans les systèmes chauds et humides de basse latitude et le diminue dans les systèmes froids et secs21. L’allégation d’élimination de carbone (CDR) porte sur l’accumulation de SIC d’origine silicatée ou l’export de DIC déduction faite de la dissolution des carbonates accessoires et de toute perte de SOC.

Scénario 6, programmes de chaulage ou de gestion du pH. Le dégagement de CO₂ induit par le chaulage est la première voie par laquelle la gestion agricole transfère du SIC vers l’atmosphère à l’échelle mondiale, avec environ 273 Tg C/an contre environ 7,5 Tg C/an pour la dissolution des carbonates indigènes sous l’effet de l’acidification14. Action : déclarer le CO₂ issu du chaulage comme un poste d’émissions de Scope 3 ; si une formation ultérieure de carbonate pédogénique in situ est revendiquée, la documenter par des preuves isotopiques ou minéralogiques et présenter le solde net des deux flux dans la déclaration.

Ce que les cadres de 2026/2027 exigent réellement

Le GHG Protocol Land Sector and Removals Standard complète le Corporate Standard et le Scope 3 Standard pour l’agriculture et les technologies d’élimination du CO₂ à compter du 1er janvier 20273. La définition du réservoir de carbone du sol donnée dans son glossaire inclut explicitement le SIC, même si la liste des réservoirs obligatoires ne mentionne que le carbone organique du sol. Il exige que les éliminations soient comptabilisées et déclarées séparément des émissions, la ventilation des flux bruts restant une désagrégation supplémentaire, facultative. Il exige des estimations quantitatives de l’incertitude pour les éliminations déclarées, propagées depuis les données d’entrée et assorties d’un intervalle de confiance et d’une justification établissant que la valeur ne surestime pas l’élimination. Il accepte la mesure régulière, la modélisation calibrée ou les approches hybrides, sans préférence entre elles, à condition que l’échantillonnage soit répété au moins tous les cinq ans. Le LSR Guidance, publié le 30 juin 2026, fixe les procédures opérationnelles. Les entreprises qui s’appuient sur des attestations de carbone du sol au niveau des fournisseurs sur des terres calcaires ont jusqu’à la date d’entrée en vigueur pour vérifier que leurs prestataires MRV partitionnent réellement le SOC et le SIC, ou pour spécifier une voie de remédiation.

Verra VM0042 v2.2 crédite la variation de SOC et impose déjà que les variations de stock de SOC issues de la mesure directe soient déclarées sur une base de masse de sol équivalente4. Ses règles propres aux carbonates sont étroites : le carbone inorganique doit être comptabilisé séparément dans le cas de la diffusion inélastique de neutrons, et les échantillons doivent être lavés à l’acide dans le cas de la spectroscopie de plasma induit par laser. Rien dans ses conditions d’applicabilité n’exclut les terres calcaires, et la voie recommandée par combustion sèche n’exige aucune élimination des carbonates, ce qui constitue l’exposition qu’un projet sur terres calcaires assume aujourd’hui. La question de l’auditeur est inchangée : avez-vous mesuré le SOC, ou avez-vous mesuré le SOC plus une tendance de SIC non attribuée ? L’auditeur LSR posera la même question.

Le règlement européen sur les absorptions de carbone et l’agriculture du carbone (2024/3012), en vigueur depuis le 26 décembre 2024, cite le boisement, l’agroforesterie et la restauration des tourbières parmi les pratiques que ses méthodologies de certification doivent couvrir, et renvoie ces méthodologies à des actes délégués que la Commission doit encore adopter pour l’agriculture du carbone22. Ses critères de qualité (articles 4 à 7 : quantification, additionnalité, stockage, durabilité) exigeront une séparation défendable des trajectoires du SOC et du SIC là où les deux sont présents ; le critère de stockage favorise en particulier le SIC, car le carbonate pédogénique est un puits plus durable que le SOC, mais seulement lorsque sa formation est réellement additionnelle et que le flux brut de dissolution des carbonates sous acidification en est déduit.

Les Core Carbon Principles de l’ICVCM ont relevé le plancher de ce qu’est un crédit volontaire défendable. Les allégations de carbone du sol à réservoir unique, profondeur unique et point unique ne survivront pas à ce plancher.

Le mot de la fin

À la question elle-même, le carbone inorganique du sol est-il indispensable à inclure ?, la réponse pratique est la même partout où le sol contient du carbonate : si votre chaîne d’approvisionnement ou votre projet repose sur un sol calcaire, aride, irrigué, fertilisé en azote, chaulé ou amendé par ERW, ignorer le SIC fausse la tendance du carbone du sol que vous déclarez. Le risque n’est pas symétrique. Un projet qui surestime l’accumulation de SOC parce que le SIC a été perdu en silence échoue à la vérification. Un projet qui partitionne et déclare les deux réservoirs résiste à l’audit, et obtient une prime de prix pour cette rigueur.

L’économie penche désormais du côté de la rigueur. Le coût marginal de la partition du SIC (une manocalcimétrie ou une combustion sèche à rampe de température réalisée sur les mêmes carottes déjà envoyées au laboratoire) représente une faible part de la facture MRV totale, et une part infime si le FTIR/MIR fait partie du flux. Le coût de la non-partition, maintenant que le LSR Guidance a paru et que les acheteurs de Scope 3 commencent à poser la bonne question, est sensiblement plus élevé.

Points clés